1. ప్రాథమిక జ్ఞానం (మీరు ప్రయోగాత్మక భాగాన్ని చూడాలనుకుంటే, దయచేసి నేరుగా రెండవ భాగానికి బదిలీ చేయండి)
సంప్రదాయ PCR యొక్క ఉత్పన్న ప్రతిచర్యగా, రియల్ టైమ్ PCR ప్రధానంగా ఫ్లోరోసెన్స్ సిగ్నల్ యొక్క మార్పు ద్వారా PCR యాంప్లిఫికేషన్ ప్రతిచర్య యొక్క ప్రతి చక్రంలో యాంప్లిఫికేషన్ ఉత్పత్తి మొత్తం మార్పును నిజ సమయంలో పర్యవేక్షిస్తుంది మరియు ct విలువ మరియు ప్రామాణిక వక్రరేఖ మధ్య సంబంధం ద్వారా ప్రారంభ టెంప్లేట్ను పరిమాణాత్మకంగా విశ్లేషిస్తుంది.
RT-PCR యొక్క నిర్దిష్ట డేటాబేస్లైన్, ఫ్లోరోసెన్స్ థ్రెషోల్డ్మరియుCt విలువ.
బేస్లైన్: | 3వ-15వ చక్రం యొక్క ఫ్లోరోసెన్స్ విలువ బేస్లైన్ (బేస్లైన్), ఇది కొలత యొక్క అప్పుడప్పుడు లోపం వల్ల వస్తుంది. |
థ్రెషోల్డ్ (థ్రెషోల్డ్): | యాంప్లిఫికేషన్ కర్వ్ యొక్క ఎక్స్పోనెన్షియల్ గ్రోత్ ప్రాంతంలో తగిన స్థానంలో సెట్ చేయబడిన ఫ్లోరోసెన్స్ డిటెక్షన్ పరిమితిని సూచిస్తుంది, సాధారణంగా బేస్లైన్ యొక్క ప్రామాణిక విచలనం కంటే 10 రెట్లు. |
CT విలువ: | ప్రతి రియాక్షన్ ట్యూబ్లోని ఫ్లోరోసెన్స్ విలువ థ్రెషోల్డ్కు చేరుకున్నప్పుడు ఇది PCR చక్రాల సంఖ్య. Ct విలువ ప్రారంభ టెంప్లేట్ మొత్తానికి విలోమానుపాతంలో ఉంటుంది. |
RT-PCR కోసం సాధారణ లేబులింగ్ పద్ధతులు:
పద్ధతి | ప్రయోజనం | లోపము | అప్లికేషన్ యొక్క పరిధిని |
SYBR గ్రీన్Ⅰ | విస్తృత అన్వయం, సున్నితమైన, చౌక మరియు అనుకూలమైనది | ప్రైమర్ అవసరాలు ఎక్కువగా ఉంటాయి, నాన్-స్పెసిఫిక్ బ్యాండ్లకు అవకాశం ఉంది | ఇది వివిధ లక్ష్య జన్యువుల పరిమాణాత్మక విశ్లేషణ, జన్యు వ్యక్తీకరణపై పరిశోధన మరియు జన్యుమార్పిడి రీకాంబినెంట్ జంతువులు మరియు మొక్కలపై పరిశోధనలకు అనుకూలంగా ఉంటుంది. |
టాక్మాన్ | మంచి నిర్దిష్టత మరియు అధిక పునరావృతత | ధర ఎక్కువగా ఉంటుంది మరియు నిర్దిష్ట లక్ష్యాలకు మాత్రమే సరిపోతుంది. | వ్యాధికారక గుర్తింపు, ఔషధ నిరోధక జన్యు పరిశోధన, ఔషధ సమర్థత అంచనా, జన్యు వ్యాధుల నిర్ధారణ. |
పరమాణు బెకన్ | అధిక నిర్దిష్టత, ఫ్లోరోసెన్స్, తక్కువ నేపథ్యం | ధర ఎక్కువగా ఉంటుంది, ఇది ఒక నిర్దిష్ట ప్రయోజనం కోసం మాత్రమే సరిపోతుంది, డిజైన్ కష్టం, మరియు ధర ఎక్కువగా ఉంటుంది. | నిర్దిష్ట జన్యు విశ్లేషణ, SNP విశ్లేషణ |
2. ప్రయోగాత్మక దశలు
2.1 ప్రయోగాత్మక సమూహం గురించి- సమూహంలో బహుళ బావులు ఉండాలి మరియు జీవ పునరావృత్తులు ఉండాలి.
① | ఖాళీ నియంత్రణ | ప్రయోగాలలో కణాల పెరుగుదల స్థితిని గుర్తించడానికి ఉపయోగిస్తారు |
② | ప్రతికూల నియంత్రణ siRNA (నాన్-స్పెసిఫిక్ siRNA సీక్వెన్స్) | RNAi చర్య యొక్క విశిష్టతను ప్రదర్శించండి.siRNA 200nM గాఢత వద్ద నిర్దిష్ట-కాని ఒత్తిడి ప్రతిస్పందనను ప్రేరేపించవచ్చు. |
③ | ట్రాన్స్ఫెక్షన్ రియాజెంట్ కంట్రోల్ | కణాలకు బదిలీ రియాజెంట్ యొక్క విషపూరితం లేదా లక్ష్య జన్యువు యొక్క వ్యక్తీకరణపై ప్రభావాన్ని మినహాయించండి |
④ | లక్ష్య జన్యువుకు వ్యతిరేకంగా siRNA | లక్ష్య జన్యువు యొక్క వ్యక్తీకరణను పడగొట్టండి |
⑤ (ఐచ్ఛికం) | సానుకూల siRNA | ప్రయోగాత్మక సిస్టమ్ మరియు కార్యాచరణ సమస్యలను పరిష్కరించడానికి ఉపయోగించబడుతుంది |
⑥ (ఐచ్ఛికం) | ఫ్లోరోసెంట్ నియంత్రణ siRNA | సెల్ ట్రాన్స్ఫెక్షన్ యొక్క సామర్థ్యాన్ని మైక్రోస్కోప్తో గమనించవచ్చు |
2.2 ప్రైమర్ డిజైన్ సూత్రాలు
విస్తరించిన శకలం పరిమాణం | ప్రాధాన్యంగా 100-150bp వద్ద |
ప్రైమర్ పొడవు | 18-25bp |
GC కంటెంట్ | 30%-70%, ప్రాధాన్యంగా 45%-55% |
Tm విలువ | 58-60℃ |
క్రమం | T/C నిరంతరాయాన్ని నివారించండి;A/G నిరంతర |
3 ముగింపు క్రమం | GC రిచ్ లేదా AT రిచ్ను నివారించండి;టెర్మినల్ బేస్ ప్రాధాన్యంగా G లేదా C;T ని నివారించడం ఉత్తమం |
కాంప్లిమెంటరిటీ | ప్రైమర్ లోపల లేదా రెండు ప్రైమర్ల మధ్య 3 కంటే ఎక్కువ బేస్ల కాంప్లిమెంటరీ సీక్వెన్స్లను నివారించండి |
విశిష్టత | ప్రైమర్ నిర్దిష్టతను నిర్ధారించడానికి బ్లాస్ట్ శోధనను ఉపయోగించండి |
①SiRNA జాతుల-నిర్దిష్టమైనది మరియు వివిధ జాతుల క్రమాలు భిన్నంగా ఉంటాయి.
②SiRNA ఫ్రీజ్-ఎండిన పొడిలో ప్యాక్ చేయబడింది, ఇది గది ఉష్ణోగ్రత వద్ద 2-4 వారాల పాటు స్థిరంగా నిల్వ చేయబడుతుంది.
2.3 ముందుగానే సిద్ధం చేయవలసిన సాధనాలు లేదా కారకాలు
ప్రైమర్ (అంతర్గత సూచన) | ఫార్వర్డ్ మరియు రివర్స్ టూతో సహా |
ప్రైమర్లు (లక్ష్య జన్యువు) | ఫార్వర్డ్ మరియు రివర్స్ టూతో సహా |
టార్గెట్ Si RNA (3 స్ట్రిప్స్) | సాధారణంగా, కంపెనీ 3 స్ట్రిప్లను సింథసైజ్ చేస్తుంది, ఆపై RT-PCR ద్వారా మూడింటిలో ఒకదాన్ని ఎంచుకుంటుంది |
బదిలీ కిట్ | లిపో2000 మొదలైనవి. |
RNA రాపిడ్ ఎక్స్ట్రాక్షన్ కిట్ | బదిలీ తర్వాత RNA వెలికితీత కోసం |
రాపిడ్ రివర్స్ ట్రాన్స్క్రిప్షన్ కిట్ | cDNA సంశ్లేషణ కోసం |
PCR యాంప్లిఫికేషన్ కిట్ | 2×సూపర్ SYBR గ్రీన్ qPCR మాస్టర్ మిక్స్ |
2.4 నిర్దిష్ట ప్రయోగాత్మక దశల్లో శ్రద్ధ వహించాల్సిన సమస్యలకు సంబంధించి:
①siRNA బదిలీ ప్రక్రియ
1. లేపనం కోసం, మీరు 24-బావి ప్లేట్, 12-బావి ప్లేట్ లేదా 6-బావి ప్లేట్ను ఎంచుకోవచ్చు (24-బావి ప్లేట్లోని ప్రతి బావిలో ప్రతిపాదించిన సగటు RNA సాంద్రత సుమారు 100-300 ng/uL), మరియు కణాల యొక్క సరైన బదిలీ సాంద్రత 60 %-80% లేదా అంతకంటే ఎక్కువ.
2. బదిలీ దశలు మరియు నిర్దిష్ట అవసరాలు ఖచ్చితంగా సూచనలకు అనుగుణంగా ఉంటాయి.
3. బదిలీ అయిన తర్వాత, mRNA డిటెక్షన్ (RT-PCR) కోసం 24-72 గంటలలోపు నమూనాలను సేకరించవచ్చు లేదా 48-96 గంటలలోపు ప్రోటీన్ డిటెక్షన్ (WB)
② RNA వెలికితీత ప్రక్రియ
1. ఎక్సోజనస్ ఎంజైమ్ల ద్వారా కాలుష్యాన్ని నిరోధించండి.ఇది ప్రధానంగా ముసుగులు మరియు చేతి తొడుగులు ఖచ్చితంగా ధరించడం;క్రిమిరహితం చేయబడిన పైపెట్ చిట్కాలు మరియు EP ట్యూబ్లను ఉపయోగించడం;ప్రయోగంలో ఉపయోగించిన నీరు తప్పనిసరిగా RNase-రహితంగా ఉండాలి.
2. త్వరిత వెలికితీత కిట్లో సూచించిన విధంగా రెండుసార్లు చేయాలని సిఫార్సు చేయబడింది, ఇది నిజంగా స్వచ్ఛత మరియు దిగుబడిని మెరుగుపరుస్తుంది.
3. వ్యర్థ ద్రవం తప్పనిసరిగా RNA కాలమ్ను తాకకూడదు.
③ RNA పరిమాణం
RNA సంగ్రహించబడిన తర్వాత, దానిని నేరుగా నానోడ్రాప్తో లెక్కించవచ్చు మరియు కనీస పఠనం 10ng/ul కంటే తక్కువగా ఉంటుంది.
④ రివర్స్ ట్రాన్స్క్రిప్షన్ ప్రక్రియ
1. RT-qPCR యొక్క అధిక సున్నితత్వం కారణంగా, ప్రతి నమూనాకు కనీసం 3 సమాంతర బావులు తయారు చేయబడాలి, తదుపరి Ct చాలా భిన్నంగా ఉండకుండా లేదా గణాంక విశ్లేషణ కోసం SD చాలా పెద్దదిగా ఉండకుండా నిరోధించడానికి.
2. మాస్టర్ మిక్స్ను పదేపదే స్తంభింపజేయవద్దు మరియు కరిగించవద్దు.
3. ప్రతి ట్యూబ్/రంధ్రం తప్పనిసరిగా కొత్త చిట్కాతో భర్తీ చేయబడాలి!నమూనాలను జోడించడానికి అదే పైపెట్ చిట్కాను నిరంతరం ఉపయోగించవద్దు!
4. నమూనాను జోడించిన తర్వాత 96-బావి ప్లేట్కు జోడించిన ఫిల్మ్ను ప్లేట్తో సున్నితంగా చేయాలి.యంత్రంపై ఉంచే ముందు సెంట్రిఫ్యూజ్ చేయడం ఉత్తమం, తద్వారా ట్యూబ్ గోడపై ఉన్న ద్రవం క్రిందికి ప్రవహిస్తుంది మరియు గాలి బుడగలు తొలగించబడుతుంది.
⑤కామన్ కర్వ్ విశ్లేషణ
లాగరిథమిక్ పెరుగుదల కాలం లేదు | టెంప్లేట్ యొక్క అధిక సాంద్రత ఉండవచ్చు |
CT విలువ లేదు | ఫ్లోరోసెంట్ సిగ్నల్స్ గుర్తించడం కోసం తప్పు దశలు; ప్రైమర్లు లేదా ప్రోబ్స్ యొక్క క్షీణత - దాని సమగ్రతను PAGE ఎలెక్ట్రోఫోరేసిస్ ద్వారా గుర్తించవచ్చు; టెంప్లేట్ యొక్క తగినంత మొత్తం; టెంప్లేట్ల క్షీణత - నమూనా తయారీలో మలినాలను మరియు పదేపదే గడ్డకట్టడం మరియు ద్రవీభవన పరిచయం నివారించడం; |
Ct>38 | తక్కువ విస్తరణ సామర్థ్యం;PCR ఉత్పత్తి చాలా పొడవుగా ఉంది;వివిధ ప్రతిచర్య భాగాలు అధోకరణం చెందుతాయి |
లీనియర్ యాంప్లిఫికేషన్ కర్వ్ | పదేపదే ఫ్రీజ్-థా సైకిల్స్ లేదా కాంతికి ఎక్కువ కాలం బహిర్గతం చేయడం ద్వారా ప్రోబ్స్ పాక్షికంగా క్షీణించవచ్చు. |
నకిలీ రంధ్రాలలో వ్యత్యాసం ముఖ్యంగా పెద్దది | ప్రతిచర్య పరిష్కారం పూర్తిగా కరిగిపోదు లేదా ప్రతిచర్య పరిష్కారం మిశ్రమంగా లేదు;PCR పరికరం యొక్క థర్మల్ బాత్ ఫ్లోరోసెంట్ పదార్థాల ద్వారా కలుషితమవుతుంది |
2.5 డేటా విశ్లేషణ గురించి
qPCR యొక్క డేటా విశ్లేషణను సాపేక్ష పరిమాణం మరియు సంపూర్ణ పరిమాణీకరణగా విభజించవచ్చు.ఉదాహరణకు, నియంత్రణ సమూహంలోని కణాలతో పోలిస్తే చికిత్స సమూహంలోని కణాలు,
X జన్యువు యొక్క mRNA ఎన్ని సార్లు మారుతుంది, ఇది సాపేక్ష పరిమాణం;నిర్దిష్ట సంఖ్యలో కణాలలో, X జన్యువు యొక్క mRNA
ఎన్ని కాపీలు ఉన్నాయి, ఇది సంపూర్ణ పరిమాణం.సాధారణంగా మనం ప్రయోగశాలలో ఎక్కువగా ఉపయోగించేది సాపేక్ష పరిమాణాత్మక పద్ధతి.సాధారణంగా,2-ΔΔct పద్ధతిప్రయోగాలలో ఎక్కువగా ఉపయోగించబడుతుంది, కాబట్టి ఈ పద్ధతి మాత్రమే ఇక్కడ వివరంగా పరిచయం చేయబడుతుంది.
2-ΔΔct పద్ధతి: నియంత్రణ సమూహంలోని లక్ష్య జన్యువుకు సంబంధించి ప్రయోగాత్మక సమూహంలోని లక్ష్య జన్యువు యొక్క వ్యక్తీకరణలో వ్యత్యాసం పొందిన ఫలితం.లక్ష్య జన్యువు మరియు అంతర్గత సూచన జన్యువు రెండింటి యొక్క యాంప్లిఫికేషన్ సామర్థ్యాలు 100%కి దగ్గరగా ఉండాలి మరియు సాపేక్ష విచలనం 5% మించకూడదు.
గణన పద్ధతి క్రింది విధంగా ఉంది:
Δct నియంత్రణ సమూహం = నియంత్రణ సమూహంలో లక్ష్య జన్యువు యొక్క ct విలువ - నియంత్రణ సమూహంలో అంతర్గత సూచన జన్యువు యొక్క ct విలువ
Δct ప్రయోగాత్మక సమూహం = ప్రయోగాత్మక సమూహంలోని లక్ష్య జన్యువు యొక్క ct విలువ - ప్రయోగాత్మక సమూహంలోని అంతర్గత సూచన జన్యువు యొక్క ct విలువ
ΔΔct=Δct ప్రయోగాత్మక సమూహం-Δct నియంత్రణ సమూహం
చివరగా, వ్యక్తీకరణ స్థాయిలో వ్యత్యాసం యొక్క బహుళాన్ని లెక్కించండి:
ఫోల్డ్=2-ΔΔctని మార్చండి (ఎక్సెల్ ఫంక్షన్కు అనుగుణంగా POWER)
సంబంధిత ఉత్పత్తులు:
పోస్ట్ సమయం: మే-20-2023